miércoles, 30 de septiembre de 2015

PROBLEMA RELACIONADO CON MEDICAMENTO: Diclofenaco, uso intravenoso


Encuentre aquí el caso completo

DESCRIPCIÓN DEL CASO
en septiembre de 2015 recibimos una solicitud asincrónica de asesoría técnica, enviada por un médico especialista, acerca de la racionalidad del uso intravenoso de diclofenaco. En la consulta, el especialista manifestaba que “hace unos 5 años vengo usando diclofenaco de manera intravenosa, habitualmente se prepara en 100 cc de solución salina normal y se pasa en un periodo de 30 minutos. Esta practica la copié de colegas anestesiólogos que ya lo usaban antes. Aunque no tengo una casuística sistemática, puedo asegurar que nunca he visto reportado un evento adverso asociado a este uso. He consultado en internet y he visto guías para este uso, que se diferencian del descrito porque habitualmente añaden bicarbonato para neutralizar la acidez del medicamento. también he visto algunos artículos clínicos usando esta vía. Entiendo que el problema del uso intravenoso es que se haga directo en la vena, pues la acidez del medicamento produciría flebitis química intensa, por eso la etiqueta tiene solo el uso intramuscular. Supongo que al diluirlo se atenúa este problema. En concreto, me gustaría conocer su respetable concepto técnico en torno al uso intravenoso de las formulaciones comerciales de diclofenaco disponibles en Colombia y si está a su alcance, orientarme sobre la búsqueda bibliográfica.” 


Encuentre aquí el caso completo

lunes, 28 de septiembre de 2015

¿Cómo clasificar tóxicos usando unidades de procesamiento gráfico (GPU)?

Muchas personas la mayoría de las veces no están al tanto de los productos que consumen día a día, y en particular no se percatan sobre como sustancias que pueden provenir de aditivos alimentarios, ingredientes de cosméticos, productos de limpieza, medicinas, pesticidas, entre otros, podrían llegar a ser tóxicas, llegando en el peor de los casos a ser letales

Es por esto que los productores cada vez más se preocupan por caracterizar de forma adecuada y oportuna lo que ofrecen a la comunidad. Sin embargo dicha tarea puede llegar a ser laboriosa y tomar mucho tiempo si sólo se toma como recurso las respectivas pruebas de laboratorio. Es por esto que métodos computacionales a gran escala pueden aportar su granito de arena en esta importante tarea para el bienestar de las personas.

Entonces se preguntarán, qué tienen que ver las unidades de procesamiento gráfico en todo esto?. La cantidad de moléculas nuevas que se caracterizan son gigantes, y están necesitan ser analizadas rápidamente antes de tomar alguna acción. Por ende desde el punto de vista computacional, este problema se le puede categorizar como un problema de Big Data, el cual es un paradigma actual en la cual se analizan grandes cantidades de información con metodologías no tradicionales, con el fin primordial de generar nuevo conocimiento que otorgue respuestas no contempladas previamente. Las unidades de procesamiento gráfico conocidas como GPU, fueron inicialmente creadas como un elemento complementario a las CPU, con el objetivo puntual de procesar gráficos y video, pero que debido a su arquitectura ha sido potencializado para su uso en computación de alto rendimiento, acelerando (dependiendo el caso) la capacidad de cálculo de cierto algoritmo.


Es por esto que NVIDIA, una de las principales compañías en el mundo en el campo de las GPU y computación en paralelo, lanzó en el 2015 el premio NVIDIA’s 2015 Global Impact Award, donde un grupo de investigadores del Instituto de Bioinformática de la Universidad Johaness Keppler en Linz, Austria, participaron y ganaron con la propuesta: DeepTox, una red neuronal profunda para la clasificación masiva de compuestos como potenciales tóxicos (Una explicación mas detallada de la herramienta se puede encontrar en el siguiente link: http://www.bioinf.jku.at/research/deeptox/).

El proyecto se basa en la clasificación de sustancias tóxicas utilizando nuevas metodologías de inteligencia artificial, usando solo como entrada la estructura de la molécula. Para acelerar dicho proceso, hardware especializado como las GPU permiten paralelizar protocolos de aprendizaje y clasificación, como los que hacen herramientas tan rutinarias como Google.

Para la clasificación, los científicos toman como referencia partes de la estructura molecular del compuesto a analizar, y estos son sometidos al clasificador para detectar patrones asociados con la aparición de ciertos eventos de toxicidad en el organismo (Figura 1). Para esto el software utiliza como base de entrenamiento miles de moléculas caracterizadas como tóxicas teniendo en cuenta la presencia o ausencia de ciertos elementos moleculares.
Figura 1.
Esquema de patrones que se determinan de las moléculas para su clasificación como tóxicos. 
A estos esquemas se les conoce como toxicóforos.
Ha sido tanto el éxito de la metodología desarrollada, que fue sometida al reto Tox 21 Data Challenge, donde fueron los ganadores con las mayores tasas de éxito en la predicción de toxicidad para nuevas moléculas. Este evento es organizado por la U.S. National Institute of Environmental Health Sciences, U.S. Environmental Protection Agency y la  U.S. Food and Drug Administration (FDA).

Este tipo de proyectos acercan cada vez más el uso de herramientas computacionales para acelerar la investigación en diferentes campos de la salud, ayudando a disminuir riesgos latentes y acelerar procesos que antes eran imposibles.

Fuente original: http://blogs.nvidia.com/blog/2015/02/18/johannes-kepler-university/

Adaptado por: Rodrigo Ochoa, Ing, MSc
Unidad de Antídotos - Diseño y ejecución de estrategias bioinformáticas
Correo: rodrigo.ochoa@udea.edu.co

lunes, 21 de septiembre de 2015

Desarrollo de software en ámbitos diferentes a la Ingeniería

Saliendo un poco de los temas habituales de este blog, quisiera abordar algunos puntos un tanto diferentes, la ingeniería en general y mi punto de vista desarrollando aplicativos en un entorno diferente a mi área de formación.

Comenzaré presentamdome, mi nombre es Julián Otálvaro y soy el Ingeniero encargado de los actuales (y futuros) desarrollos de software / hardware en CIEMTO. Aunque mi título diga Ingeniero Electrónico siempre he sido un enamorado de la programación y de la tecnología en general y siguiendo esos caminos comencé a trabajar aquí, en CIEMTO.  Al día de hoy ya contamos con un primera desarrollo, SAM-I (http://ciemto.medicinaudea.co/SAM-i), aplicativo web enfocado a servir como una ayuda a médicos y a la ciudadanía en general en temas de interacciones entre medicamentos, este aplicativo esta siendo desarrollado 100% al interior de CIEMTO.

Entre las experiencias que pienso me han enriquecido mas profesionalmente está la de sentarme a desarrollar aplicativos con un grupo tan multidisciplinario, uno como Ingeniero tiende a limitar sus desarrollos identificando las herramientas por sus limitaciones, por el contrario las ideas de mis compañeros no pasan por ningún tipo de filtro o prejucio lo cuál enriquece mucho el desarrollo de estos aplicativos y así poco a poco pienso que uno va dejando atrás esas ideas erroneas auto-implantadas durante nuestra formación ingenieril.


Y es que dificilmente uno como estudiante de Ingeniería lograría visualizar en que área podría terminar aplicando todo lo aprendido durante esos arduos años de estudio, ya que desde siempre carreras como las nuestras nos enfocan a salir a solucionar los problemas de una industria que en la situación de nuestro país puede que no sea suficiente para la oferta de profesionales. Personalmente me siento bendecido al tener la oportunidad de empezar a reunir experiencia laboral con un grupo magnífico de personas, de cantidad de profesiones y todas con el gran mismo objetivo en mente: "Salvar vidas".

Julián David Otalvaro
julian.otalvaro@udea.edu.co
Ingeniero de desarrollo 
Unidad de Bioinformática


viernes, 4 de septiembre de 2015

Tragedia en Tianjin (China)

Con la globalización  y la dinámica económica actual  el mundo entero abre sus puertas a un comercio más dinámico lleno de posibilidades con un alcance nunca antes visto.  La tragedia de Tianjin en  China,  muestra a lo que una comunidad  puede estar expuesta cuando el  interés monetario de unos pocos prima sobre la seguridad de una población asentada  cerca de un nicho comercial especifico.  El almacenamiento sin control de todo tipo de elementos y sustancias químicas, sin  conservar las medidas mínimas de seguridad  se convierte en una bomba de tiempo que puede terminar en tragedia como lo registran las noticias recientes.

Pero vale la pena preguntarnos,  solo a gran escala puede pasar estos acontecimientos? Y creo que  la respuesta es no!  
Si miramos bien en nuestro entorno, llámese hogar, sitio de trabajo,  almacenamos sin ninguna medida de seguridad ni de cuidado todo tipo de elementos químicos  o de sustancias que por sí solas son tóxicos o nocivos para quien comparte nuestros espacios.  

Desde CIEMTO hacemos un llamado a manipular, almacenar y utilizar con la mayor precaución todos los potenciales elementos que reconocemos como de uso diario, pero que por desconocimiento no lo hacemos de manera racional.


Cree usted que hace buen uso  y almacenamiento de los elementos de uso diario en el hogar o sitio de trabajo?

Artículo de referencia: http://www.elcolombiano.com/la-tragedia-de-tianjin-MC2545295